В 2015 м году нашей эры межпланетные зонды и орбитальный телескоп "Хаббл" несколько раз засекали в Солнечной Системе объекты, которые учеными были однозначно классифицированы как рукотворные и выполненные не человеческими руками. За недостаточностью данных и во избежание паники было принято решение засекретить эти данные от основной массы населения.
Однако, для подготовки к возможным инцидентам, 16 ведущих стран из разных регионов Земли подписали "Акт о всемирной безопасности", который создавал специальную военную организацию в подчинении Совета Безопасности ООН - Отряд по противодействию инопланетной угрозе, или X-COM. В течение пяти лет эта организация собирала данные о пришельцах и втайне готовилась к возможному вторжению.
Как выяснилось, подготовка и затраченные ресурсы не прошли даром. В апреле 2020 года серией похищений людей, открытых полетов инопланетных кораблей в атмосфере и нападений на воинские части и военно-воздушные базы по всей планете началось инопланетное вторжение на Землю.
Что нужно от нас пришельцам? Никто не знает... Но X-COM полны решимости выяснить это и отразить инопланетную угрозу для народа Земли.
Реальными задачами атаковавших Землю объединенных сил пришельцев, управляемых таинственной расой "эфириалов" не являются порабощение или уничтожение человечества. Напротив, для пришельцев человечество это потенциальный кандидат на то, чтобы быть "возвышенными" (пусть и очень грубыми методами, включающими бесчеловечные эксперименты и недобровольную генно-биологическую модификацию) и потом влиться в ряды сообщества Галактики в качестве его более чем полноправных участников.